Christian Auboyneau, encore étudiant à la Sorbonne, cofonde en 1989 avec deux amis, les débats de la Cité de la Réussite. Il organise cet événement, à la Sorbonne et à Lyon, jusqu’en 2003.
En 2003, il fonde la société de production « Au fil de l’eau » qui crée des émissions et des documentaires pour France Télévisions, Public Sénat, Paris Première et plusieurs chaînes de la TNT.
En 2011, Christian Auboyneau, lance les Rencontres Capitales à Marseille qui deviennent le grand débat d’idées de Marseille Capitale Européenne de la Culture.
Après trois éditions à Marseille et à Lyon, les Rencontres Capitales s’installent au Palais de l’Institut de France avec l’Académie des sciences, pour ses 350 ans. Deux éditions ont lieu en 2016 et 2018 dans tout le Palais de l’Institut de France. À l’occasion de l’édition 2018, Christian Auboyneau devient également, en plus de l’organisation des Rencontres Capitales, directeur du mécénat et du développement de l’Académie des sciences.

La prochaine édition des Rencontres Capitales de l’Académie des sciences et de l’Institut de France, est programmée en novembre 2020.
Christian Auboyneau est Président de la Maison des Journalistes qui héberge en résidence depuis près de 20 ans, dans une maison à Paris, des centaines de journalistes réfugiés politiques du monde en9er.